Eesti Heliloojate Liidu eelkäija, Eesti Akadeemiline Helikunstnike Selts asutati 19. novembril 1924. aastal. Peale Eesti liitumist NSV Liiduga püüti uute oludega kohanduda ja tegevust jätkata, muutudes Kutseliste Helikunstnike Ühinguks. 1940. lõpus toimus siiski Seltsi likvideerimine. Peale seda asutati aga Eesti NSV Heliloojate Liit, mis 1989. aastal nimetati ümber Eesti Heliloojate Liiduks, 1993. aastal võeti vastu EHLi uus põhikiri.
Eesti Heliloojate Liit on üks vanimaid eesti loomeliite, mille eesmärgiks on professionaalsete heliloojate ja muusikateadlaste huvide eest seismine, eesti heliloomingu ja muusikateaduse vaba arengu soodustamine, loominguvabaduse kaitsmine ja oma liikmete loominguliste huvide esindamine.
Eesti Heliloojate Liidu esimehed on olnud Eugen Kapp (1944-66), Boris Kõrver (1966-74) ja Jaan Rääts (1974-93).
2004. aastal jõustunud Loovisikute ja loomeliitude seaduse alusel on Eesti Heliloojate Liit 27. juunil 2005 kantud ka Eesti Vabariigi Kultuuriministeeriumi poolt tunnustatud loomeliitude nimekirja.